Sakura est une jolie fille maîtrisant les arts martiaux et issue d'une grande famille peu ordinaire... Dans le bus, tandis qu'elle rentre tranquillement chez elle après les cours, elle aperçoit une scène se déroulant dans un parc... Là elle croit halluciner quand elle voit sous ses yeux des personnes en train de prendre feu et de se consumer dans des flammes d'un bleu étrange. Elle croit aussi distinguer un jeune homme d'à peu près son âge dont tout laisse supposer qu'il est l'auteur de ce carnage...Le lendemain en cours, un nouvel élève est présenté à toute la classe : il s'appelle Rey Ogami. Dès les premiers instants, Sakura a l'impression de connaître cette personne... Elle se demande si ce n'est pas ce garçon qu'elle a vu la veille, au milieu des corps qui brûlaient dans d'étranges flammes bleues... D'ailleurs Sakura se pose encore mille questions à ce sujet. Était-ce bien réel? A t-elle halluciné ou pas? Et qui est donc ce mystérieux garçon? Alors Sakura décide de le tenir à l'oeil et de mener sa propre enquête. Bien qu'elle soit incapable d’appréhender complètement certains phénomènes, ses soupçons finiront par la conduire à cette conclusion: non, elle n'a pas halluciné concernant les évènements du parc et elle découvre en plus que ce Rey Ogami est un Code Breaker! Un Code Breaker est un être censé ne pas exister aux yeux de la société. Il a pour mission de débarrasser "le mal" de ce monde en éliminant ceux que la justice des hommes ne peut atteindre. Et cela, il le fait en grande partie à l'aide de ses pouvoirs...
