L’histoire nous entraîne dans les aventures surnaturelles d’un lycéen leader du groupe de voleurs qui se font appeler Phantom Thieves et qui sont capables d’utiliser des Persona. Aux côtés du héros se tiennent, Morgana, un mystérieux chat qui parle, qui guide nos protagonistes dans l’autre monde et qui sera leur mentor, le bad boy Ryuji Sakamoto et la belle An Takamaki. Une application mobile appelée Isekainabi permet aux Phantom Thieves de découvrir la localisation de leurs cibles et peuvent infiltrer un autre monde, connu sous le nom de Palais, afin de voler le cœur des Personnes Pourries.
