Après que sa mère a gagné un voyage gratuit dans les îles, l’entraîneur de Pokémon Satoshi et son partenaire Pikachu se dirigent vers l’île Melemele de la belle région d’Alola, qui est remplie de beaucoup de nouveaux Pokémon et même de variations de visages familiers. Désireux d’explorer l’île, Satoshi et Pikachu courent à toute allure, perdant rapidement leur chemin en poursuivant un Pokémon. Le couple finit par tomber sur l’école Pokemon, une institution où les élèves viennent en apprendre davantage sur ces créatures fascinantes.
À l’école, lorsque lui et l’un des élèves – Kaki, qui n’a pas de sens – ont un affrontement avec les voyous de l’équipe Skull, Satoshi découvre la puissance écrasante des Z-Moves, de puissantes attaques provenant de la région d’Alola qui exigent que l’entraîneur et Pokemon soient synchronisés. Plus tard dans la nuit, lui et Pikachu ont une rencontre avec la divinité gardienne Pokemon de l’île Melemele, le mystérieux Kapu Kokeko. Le Pokemon de la légende leur accorde un Z-Ring, un outil nécessaire à l’utilisation des Z-Moves. Ebloui par sa bataille précédente et maintenant en possession d’un Z-Ring, Satoshi et Pikachu décident de rester dans la région d’Alola pour apprendre et maîtriser la force de ces nouvelles attaques puissantes.
En s’inscrivant à l’école Pokemon, Satoshi est rejoint par des camarades de classe comme Lillie, qui aime Pokemon mais ne peut pas se résoudre à les toucher, Kaki et bien d’autres. Entre assister aux cours, repousser l’agaçant Team Rocket – qui sont eux-mêmes arrivés à Alola pour préparer les plans d’avenir de leur organisation – et relever le défi de l’île qui est nécessaire pour maîtriser les Z-Moves, Satoshi et Pikachu sont dans une nouvelle aventure passionnante.

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