Dans l'opulente capitale céleste du Lofty Realm, la déesse des moissons Sakuna mène une vie de luxe, se reposant sur l'héritage de ses parents défunts. Loin de ce plan divin, dans le Lowly Realm, un cruel bandit poursuit un groupe d'humains désespérés jusqu'au bord d'une falaise. Un portail entre les deux royaumes apparaît, et c'est là que Sakuna croise le chemin des « enfants des hommes ». Dans l'agitation qui suit la surprise, la déesse et les mortels égarés provoquent une grande explosion qui leur vaut de subir la colère de la souveraine céleste, Lady Kamuhitsuki. Cette dernière les exile sur l'île de Hinoe, un lieu mystérieux bordant la terre et le ciel où les parents de Sakuna vivaient il y a longtemps, et leur ordonne de reprendre l'île aux Démons. Fille d'un dieu guerrier et d'une déesse des moissons, Sakuna retrouvera ses droits de naissance dans cette région sauvage indomptée en résistant aux éléments, en combattant les monstres et en cultivant le sol. Et en aidant leur protectrice immortelle, les humains bannis peuvent encore trouver leur raison de vivre dans le Lowly Realm, déchiré par la guerre. Ensemble, ces compagnons improbables doivent unir leurs forces pour apprivoiser à la fois la terre et les démons de l'île de Hinoe.Les joueurs prennent le rôle de Sakuna, une déesse des moissons bannie sur une île dangereuse avec un groupe d'humains eux aussi mis au ban de la société. En explorant les environnements magnifiques et hostiles de l'île, elle devra réussir à survivre dans un village de montagne, se montrant à la hauteur de son ancien rang de déesse, notamment en cultivant et récoltant du riz et en améliorant la vie de ses amis à côté.
