À l'issue d'une guerre opposant Japon et Russie, le sol de l'archipel nippon s'est affaissé et une partie des terres ont disparues dans l'océan. De ce fait, une grande partie des activités du pays se développent désormais sur des plate-formes situées en mer. Depuis lors, protéger le littoral nippon est devenu un enjeu politique et économique majeur, poussant le pays à développer sa marine. Pour éviter toute tension avec d'autres États, le commandement des navires a été confié à des femmes, les "Blue Mermaids", symbole de paix. Depuis qu'elle est toute petite, Akeno Misaki rêve de devenir "Blue Mermaids" et a travaillé dur pour intégrer le prestigieux lycée Yokosuka, qui forme ces jeunes femmes. Malheureusement, dès le premier exercice pratique, Akeno et son équipage sont confrontés à d'étranges événements.
