B: The Beginning est l'histoire de l'enquêteur Ryuzaki qui s'associe au criminel Keith afin de retrouver un mystérieux assassin surnommé "Killer B". Alors qu'il se rapproche de plus en plus de la vérité, Ryuzaki découvre que les méfaits de Killer B sont liés à une organisation secrète dont les membres sont dotés de pouvoirs surnaturels. Avec l'aide de son partenaire, Ryuzaki devra lutter contre l'organisation et découvrir leur plan diabolique avant qu'il ne soit trop tard.
