Inazuma Eleven Go : Chrono Stone est placé après le tournoi de football Holy Road. Le héros du moment, Tenma Matsukaze, a voyagé dans tout le Japon pour enseigner le football aux enfants.

Il retourne à Raimon Junior High School après avoir terminé sa mission, mais à sa grande surprise, ce n’est plus le même Raimon Junior High dont il se souvient. Le club de football est inexistant et les membres de l’équipe championne du tournoi de football Holy Road n’ont aucun souvenir de leur participation au tournoi. Ils ne se souviennent ni de Tenma ni du jeu de football qu’ils aimaient. Alors que Tenma est déconcerté par ce rebondissement, Alpha, le chef des Agents de Route et capitaine de l’équipe Protocol Omega, apparaît soudainement devant lui. Alpha déclare que lui et son équipe sont responsables de l’anéantissement de la passion pour le football à Raimon avec les souvenirs des membres du club de football : et Tenma lui-même est le prochain.

C’est alors qu’un garçon étrange nommé Fei Rune apparaît juste à temps pour le sauver. Juste qui est Fei, et pourquoi Alpha veut-il éliminer le football pour de bon ? Tenma sait qu’il doit faire tout ce qui est en son pouvoir pour sortir victorieux. C’est une bataille qui pourrait sceller le destin du football pour toujours.

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